아직까지 자폐스펙트럼장애의 의사소통이나 사회적 상호작용 능력을 직접적으로 개선시키는 약물은 개발되지 않았습니다. 따라서 모든 자폐스펙트럼장애를 가진 아동이 약물치료를 필요로 하는 것은 아닙니다. 그러나 자극 과민성, 분노 발작, 공격성, 자해 행동, 상동 행동 등의 문제 행동을 보이는 경우에는 약물치료를 통해 개선을 기대할 수 있습니다.
행동치료 등의 비약물적 치료를 통해서도 이러한 문제행동의 개선을 기대할 수 있지만, 그 정도가 심한 경우에는 약물치료를 병행하는 것이 효과적입니다.
또한 자폐스펙트럼장애에는 다양한 정신의학적 질환이 동반될 수 있습니다. 주의력결핍과활동성장애(Attention-Deficit/Hyperactivity Disorder, ADHD), 기분장애, 불안장애, 강박장애, 정신병적 장애 등 많은 정신의학적 질환이 일반인구에서보다 자폐스펙트럼장애에서 더 높은 유병률을 보입니다. 이러한 정신의학적 질환들은 약물치료를 필요로 하는 경우가 많습니다. 동반되어 있는 정신의학적 질환을 발견하여 적절히 치료함으로써 기능과 적응능력의 향상, 문제 행동 감소의 효과를 기대할 수 있습니다.